一个决策咨询机构
    科学技术委员会是集团公司科技工作的咨询机构,为集团公司领导在科技工作方面的决策提供咨询意见。 
四个研发机构
    中华鲟研究所:集团公司所属科研机构,也是国内唯一一家保护国家一级保护动物中华鲟的专业科研机构,已成功培育出世界上第一尾全人工繁殖中华鲟鱼苗,取得重大阶段性成就。
    水资源高效利用及工程安全国家工程研究中心:三峡集团与河海大学共建,并由三峡集团控股。该中心是国家发改委批复建设的国家级科技创新平台,根据国民经济、社会发展需要和市场需求,在水资源利用、水资源合理配置、长距离调水调度与仿真、水污染控制与治理、水工程安全、新能源(风电)等方向,开展行业及产业关键共性技术的研发和技术扩散与转移,并为三峡集团科技创新与管理提供支撑与服务。
    二个参股科研机构:北京中水科水电科技开发有限公司,长江勘测设计研究院有限责任公司,直接为集团公司科技服务。 
四个战略合作的国家重点实验室 
    集团公司与四个国家重点实验室建立了长期稳定的战略合作关系,承担了集团公司委托的大量科研项目。四个国家重点实验室是: 
    清华大学水沙科学与水利水电工程国家重点实验室 
    河海大学水文水资源与水利工程科学国家重点实验室 
    武汉大学水资源与水电工程科学国家重点实验室 
    四川大学水力学与山区河流开发保护国家重点实验室 
博士后工作站
    集团公司博士后科研工作站于2001年经国家人事部批准成立,2002年开始招录首批博士进站工作,截至2012年底共招录9批31位博士后进站工作,出站22位。博士后人员先后获得国家级科技奖励4项,省部级科技奖励5项;参与国家级科研项目6项;获得国家科研基金项目8项;发表科技论文200余篇,其中SCI、EI和ISTP检索40余篇;获得专利8项。